En la síntesis típica de ADN, ARN y ácidos nucleicos no naturales, la etapa de desprotección y acoplamiento desempeña un papel crucial.
La etapa de desprotección consiste en eliminar el grupo DMT del soporte sólido o el grupo hidroxilo 5' del nucleósido anterior con un ácido orgánico, dejando el grupo hidroxilo expuesto para la siguiente etapa de acoplamiento. Generalmente se utiliza ácido tricloroacético al 3% en diclorometano o tolueno para llevar a cabo la desprotección. La concentración de ácido tricloroacético y el tiempo de desprotección (tiempo de desbloqueo) determinan la pureza de los productos finales. Una baja concentración y un tiempo de desbloqueo insuficiente dejan grupos DMT sin reaccionar, lo que disminuye el rendimiento y aumenta las impurezas no deseadas. Un tiempo de desbloqueo prolongado puede provocar la despurinización de las secuencias sintetizadas, generando impurezas inesperadas.
La etapa de acoplamiento es sensible al contenido de agua de los disolventes y a la humedad del aire. La concentración de agua en la síntesis debe ser inferior a 40 ppm, mejor aún inferior a 25 ppm. Para mantener la condición de síntesis anhidra, la síntesis de ácidos nucleicos debe llevarse a cabo en un ambiente de baja humedad, por lo que recomendamos a nuestros clientes que utilicen elEquipo disuelto de amiditas, que puede disolver la fosforamidita en polvo o aceitosa en acetonitrilo anhidro para evitar el contacto con el aire.
Dado que la disolución de fosforamiditas es mejor en una situación sin agua, y las trampas moleculares adsorben el agua traza en los reactivos y la amidita, es necesario preparar elTrampas moleculares.Recomendamos utilizar 2 g de tamiz para frascos de reactivos de 50-250 ml, 5 g para frascos de reactivos de 250-500 ml, 10 g para frascos de reactivos de 500-1000 ml y 20 g para frascos de reactivos de 1000-2000 ml.
La disolución de las fosforamiditas debe realizarse en atmósfera inerte, y la sustitución de los reactivos activadores y el acetonitrilo debe completarse a tiempo. Los reactivos de bloqueo y oxidación deben utilizarse lo antes posible, ya que los reactivos abiertos tienen una vida útil más corta y una menor actividad durante la síntesis.
Fecha de publicación: 9 de agosto de 2022